A Escola Bartolomeu Perestrelo, inicialmente uma Escola Preparatória do Ensino Secundário, foi criada pela Portaria 561 de 28 de novembro de 1972, ficando instalada na Rua das Mercês, no Funchal. É transferida, em 1976, provisoriamente, para o edifício do Seminário Diocesano do Funchal, na Rua de Santa Luzia, desta cidade. Até ao final da década de oitenta, teve um anexo, na Travessa do Nogueira e nos Louros, sucessivamente, onde eram lecionados os 5º e 6º Anos do Ciclo Preparatório.
Pela Portaria nº 17/91 é criada a Escola Básica e Secundária Bartolomeu Perestrelo e leciona, integralmente, no ano letivo de 1991/92, os 2º e 3º Ciclos. A partir de 1998/99, passou a designar-se como Escola Básica dos 2º e 3º Ciclos Bartolomeu Perestrelo.
Apesar das sucessivas transformações do quadro legal, a Escola manteve-se em funcionamento nas instalações do antigo Seminário, arrendado pela RAM à Diocese do Funchal, até setembro de 2004, data da sua tranferência para edifício novo, na Rua Bartolomeu Perestrelo, freguesia do Imaculado Coração de Maria, Funchal.
O edifício antigo, datado de 1909, foi mandado construir na cerca do extinto Convento da Incarnação pelo bispo da Diocese do Funchal, D. Manuel Agostinho Barreto, como refere o Elucidário Madeirense. Depois de 1910, com a implantação da República, o Estado tomou conta do edifício, deixando de funcionar lá o Seminário. Só em outubro de 1993, é que o Seminário pôde voltar a funcionar na casa que D. Manuel Agostinho Barreto mandara construir, e aí manteve-se até 1974.
A 6 de outubro de 2004, a Escola Bartolomeu Perestrelo mudou de instalações para um edifício de raíz, situado na rua Bartolomeu Perestrelo, nºs 3 e 5, na freguesia do Imaculado Coração de Maria. É constituída por sete pisos, com cerca de 50 espaços de ensino, para 1500 alunos, um polidesportivo, ginásio, laboratórios, salas de informática, biblioteca, auditório, cantina e, futuramente, um pavilhão gimnodesportivo.